东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

角色介绍

江户川柯南

演员 -

配音 高山南

真实身份为高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。他因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样。此次由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜。

工藤新一

演员 -

配音 山口胜平

高中生侦探，就读于帝丹高中二年级B班，人称“平成年代的福尔摩斯”“日本警察的救世主”。性格沉稳，正义感强。

毛利兰

演员 -

配音 山崎和佳奈

就读于帝丹高中二年级B班，校空手道部的主将。父亲是名侦探毛利小五郎，母亲是律政界女王妃英理，青梅竹马兼男友是高中生侦探工藤新一。此次由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜。

服部平次

演员 -

配音 堀川亮

大阪改方学园高中部二年级生，关西的高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。此次为了破解佛像谜题，另外也为寻找初恋情人，在途中遇到了柯南等人。

远山和叶

演员 -

配音 宫村优子

大阪改方学园高中部二年级学生，大阪府警察本部刑事部长远山银司郎警视长的独生女，关西高中生侦探服部平次的青梅竹马。