故事发生在二十一世纪末的日本。魔法,这不是一个传说,而是现代科学的一项技术,它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”这个名字的体系替代,高超的的魔法师被认为是国家的实力。西历 2095 年的春天,新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高校——通称“魔法科高校”,是由成绩优秀的“一科生”,和作为一科生替补的，二科生”所构成,他们也各自被冠上了“花冠（bloom）”,以及“杂草（weed）”之名。就在这样的魔法科高校里,一对兄妹入学了。兄长是,拥有着缺陷的劣等生。妹妹是,完美无缺的的优等生。无论什么事都抱着达观态度的劣等生兄长,和对他抱着作为血亲以上感情的优等生妹妹。随着这两人进入这间精英学校的大门,这平稳的学院,也开始了骚乱的日常。