在第四季中 Donna Noble 将会接替 Marth Martha Jones 成为博士的同伴，继续乘坐 Tardis 穿梭时空，保卫宇宙。

特别篇

特别篇1——又一个博士

18世纪英国，博士发现了另一个博士，失忆的博士。博士误以为是处于另一条时间线上的自己，于是隐瞒身份，暗中帮助失忆博士。博士发现了赛博人，他们想找一个领导人。

特别篇2——死亡星球

一名大盗从博物馆偷窃了一件重要的文物，她逃跑的时候在巴士上遇到了博士。接着，巴士被吸入到一条空间通道，传送到一个满是黄沙的死亡星球。原来这个曾经繁荣星球是被一群机械撕裂猛兽毁灭的，博士用改装的宇宙电话和地球联系，指导研究员用超科技手段把大家带回地球。一名天生拥有低级心灵感应能力的乘客，被外星恒星放大了感应能力，做出了一个关于博士的预言——敲击四下后，博士就要死亡。

特别篇3——火星鬼水

博士来到2058年的火星，见到了传奇人物——火星第一批基地乘员。一天后这些人将全部死去。博士因为来历不明被扣留。由于基地过滤系统坏了，火星水混入基地，这些水里隐藏着一支被冰冻的部队——火星冰族。冰族寄生在乘员身上，企图进入地球——一个拥有70%水的完美世界。关键时刻领队启动了自毁系统，想要同归于尽。这一事件属于定点历史，不能更改，但博士命不久矣，并且博士是掌控时间法则的时间领主一族最后一个成员，于是博士大胆作出了一个尝试，他出手打退冰族，带回了3名幸存者。但获救后的领队Adelaide认为博士不应该掌握这么大的能力（掌控法则），于是自杀，时间又回归了正常。但是博士依旧逾界了，Ood穿越时空告诉博士，他越界了，他的歌声已经在响起了……

特别篇4——时之终结（上）

博士找到Ood长老，长老们告诉博士一个最终预言：黑暗将降临，Something is coming（有东西来了），并且展示了博士不知道的一件事情——法师火化时，有人取走了他尸体上的一个戒指，因此法师有一部分存活了下来。 法师复活，他的人类妻子选择和他同归于尽，在他复活过程中投入毒药。法师没有死，但是重生出了问题，恶病缠身。博士找到法师，希望能帮助法师，但法师让博士聆听了在自己大脑中响了数亿的鼓声，是四下连击的鼓声！！博士心绪大乱，法师趁机逃走……重生的法师大脑中的鼓声越来越强烈，他认为，这是注定的考验。复活法师的人希望法师能修好一台外星机器，这台外星机器据说可以使人永葆青春，长生不死。邪恶的法师用这台机器把地球上所有的人类都转化成了自己，60亿个法师静待博士降临！

特别篇5——时之终结（下）

时空之锁里，战斗进入白热化，几十亿年文明的加利弗雷即将毁灭，时间领主议长不甘毁灭，于是从时间线上寻找出路，结果找到汇聚点——地球。于是议长将4下连敲的响声（Time Lord的心跳声），通过时间隧道传送到法师小时候，植入到法师大脑中，用鼓声建立连接，接着用一颗Gallifrey特有的白点星做定位，联系上了法师。博士本不愿与法师为敌，但得知法师拿到的定位是白点星后，毅然决定返身刺杀法师。法师用鼓声和白点星把议长等人从时空之锁里召唤出来，博士也同时抵达现场。 　宇宙中最后的时间领主一族聚在一起。法师讨厌人类，想要把自己复制到所有的时间领主一族的身体里；议长则是想要把Gallifrey召唤到地球上空，启动终极制裁，终结掉时间，（时间领主是唯一可以在时间毁灭后依旧生存的种族）；博士不想让时空之锁失效，让戴立克 skara坠落一代 travesty游牧族 噩梦之子 could-have-been王和他同时与永不军队走出时空之锁。最后一战，法师得知自己大脑中响了几亿年的鼓声，把自己逼疯的鼓声是议长植入的之后，毅然冲入时空之锁向议长报仇。而博士在终结了一切乱局之后，惊奇的发现自己居然没死。而这时候，响起了四下敲击声……